Để thực hiện chức năng, nhiệm vụ, Cảnh sát biển Việt Nam có các quyền hạn theo quy định của pháp luật và có các quyền hạn cơ bản sau:

• Kiểm tra, kiểm soát người, phương tiện hoạt động trong vùng biển Việt Nam.
• Sử dụng vũ khí, công cụ hỗ trợ, phương tiện, thiết bị kỹ thuật nghiệp vụ và thực hiện quyền nổ súng. 
• Xử lý vi phạm hành chính và tiến hành hoạt động điều tra hình sự.
• Thực hiện trưng dụng tài sản của tổ chức, công dân Việt Nam.
• Truy đuổi người, phương tiện vi phạm pháp luật trên biển.
• Huy động người, phương tiện, trang thiết bị kỹ thuật dân sự của cá nhân, tổ chức Việt Nam. 
• Yêu cầu tổ chức, cá nhân và phương tiện nước ngoài hoạt động trong vùng biển Việt Nam hỗ trợ, giúp đỡ.
• Bắt giữ tàu thuyền vi phạm pháp luật.
• Sử dụng các biện pháp nghiệp vụ và thực hiện các quyền hạn khác được quy định tại Điều 24 Luật An ninh quốc gia năm 2004. Tư lệnh Cảnh sát biển quyết định việc sử dụng các quyền hạn theo quy định tại Điều này theo thủ tục, thẩm quyền do Chính phủ quy định và chịu trách nhiệm trước pháp luật về quyết định của mình.